Sistem operasi Microsoft Windows mengimplementasikan Penggerak kilat USB sebagai USB Mass Storage Device, dan menggunakan device driver usbstor.sys. Karena memang Windows memiliki fitur auto-mounting, dan penggerak kilat USB merupakan sebuah perangkat pasang dan pakai, Windows akan mencoba menjalankannya sebisa mungkin sesaat perangkat tersebut dicolokkan ke dalam soket USB. Windows XP dan yang sesudahnya bahkan memiliki fitur Autoplay, yang mengizinkan penggerak kilat USB tersebut diakses secara keseluruhan untuk menentukan apa isi dari penggerak kilat USB tersebut. penggerak kilat USB Namun penggerak kilat USB menjadi media empuk untuk penyebaran virus, karena kemampuan virus untuk menyalin dirinya sendiri ke penggerak kilat USB dan dijalankan otomatis ketika dicolokkan pada porta USB (dimana fungsiAutoplay pada sistem Windows tidak dimatikan). Banyak virus komputer lokal seperti halnya Brontok/RontokBro, PendekarBlank, dan virus lokal lainnya menggunakan penggerak kilat USB sebagai media transmisi virus dari satu inang ke inang lainnya, menggantikan cakram flopi. Virus-virus yang sebagian besar berjalan di atas Windows tersebut akan semakin cepat beredar ketika memang Windows mengakses penggerak tersebut menggunakan fitur autoplay yang dimiliki oleh Windows. Karenanya, ada baiknya untuk menonaktifkan fitur autoplay, meski hal ini kurang begitu membantu mencegah penyebaran virus.

Cara penggunaan USB Flash Drive sangat mudah karena menggunakan USB sebagai interfacenya. Hanya cukup menancapkan ke port USB pada PC dan akan langsung dikenali sebagai removable drive tanpa perlu proses rebooting (bersifat “plug and play”) karena hampir semua sistem operasi terbaru dapat menginisialisasi driver. Hanya memang untuk Windows 98 masih perlu untuk menginstal driver yang biasanya sudah tersedia dalam paket USB Flash Drive. Berbeda dengan floppy disk maupun CDR/RW, USB Flash Drive memiliki keunggulan yaitu tidak perlu menggunakan alat tambahan untuk memakainya. Jadi tidak perlu mengeluarkan uang lagi untuk membeli alat tambahan seperti floppy disk drive atau CD-ROM/RW. USB Flash Drive juga tidak memerlukan tenaga baterai dan sangat ringan